Ogni sezione del sito del Foscarini è caratterizzata, seppur con differenziazioni cromatiche e nei contenuti dei testi a piè pagina (footer), da uno stile di pagina generale comune e ben definito. Al rientro della vacanze di Natale bisognava scegliere un logo per la sezione del Museo virtuale. Come logo fu scelto (Bonavoglia, 2000) il Paradosso meccanico da una foto scattata presso i locali del Liceo (Malfi, © S 1998) e tale logo continua ancor'oggi a caratterizzare il museo virtuale.

Fin dall'inizio il museo virtuale è stato concepito (Bonavoglia), come l'intero sito web del Liceo Marco Foscarini, in modo tale che i comandi riguardanti le parti comuni a tutte le pagine (logo del museo, colore dello sfondo, intestazione di pagina, fine pagina, nomi degli autori, ecc.) fossero su file indipendenti "richiamati" poi in ciascuna pagina. In questo modo non solo si snelliscono le dimensioni di ogni singola pagina, ma si ha il notevole vantaggio che la modifica di un solo elemento di questi file di sistema comporta ovviamente l'immediata estensione a tutte le pagine in rete. Si tratta di un semplice "trucco" informatico indispensabile per la gestione di un gran numero di pagine tutte dotate sempre degli stessi elementi in comune. In altre parole, se un domani si volesse cambiare lo sfondo, è sufficiente modificare il colore una volta sola nel file di gestione e non in tutte le pagine che attualmente sono in rete.

Alla prime due pagine (tutte della Sezione di Maccanica, il Paradosso meccanico e l'Apparecchio per la dimostrazione del parallelogramma delle forze) nel mese di marzo se ne aggiunsero altre, sempre create dal Prof. Paolo Bonavoglia su testo di Pierandrea Malfi: il Sistema di pulegge, gli Emisferi di Magdeburgo e il Gran modello di locomotiva.

Con l'aumento del numero delle schede di strumenti riguardanti i diversi rami della fisica, si rese necessario dividere il museo virtuale in quattro Sezioni (Meccanica, Termodimamica, Ottica e acustica ed Elettromagnetismo). La home page venne di conseguenza modificata (Bonavoglia, ottobre 2000): a poche righe introduttive seguivano quattro aree, una per ciascuna sezione, costituite da una fotografia di uno strumento ad essa appartenente, con a fianco un sintetico testo sui suoi contenuti. Per la sezione di Meccanica venne scelto come logo il Sistema di pulegge, per Ottica e acustica il Fonografo con cilindri incisi, per Termodinamica il Gran modello di locomotiva e per Elettromagnetismo il Galvanometro astatico di Nobili.