In previsione dell'aumento di strumenti appartenenti alla Sezione di Meccanica dei fluidi e, in particolare, relativi ai liquidi, nel mese di giugno 2002 tale Sezione è stata divisa in due Sottosezioni (Liquidi e Gas). Come logo della Sottosezione dei Liquidi fu scelto l'Apparecchio per la spinta dei liquidi, mentre per quella dei Gas lo Psicrometro di Cavalieri. Per lo stesso motivo anche la Sezione di Acustica e ottica è stata divisa in due Sottosezioni (Acustica e Ottica) e come logo della Sottosezione di Acustica fu scelto il Risuonatore di Savart, mentre per quella di Ottica uno degli Specchi parabilici con sostegno.

L'inizio dei lavori di restauro nei due locali destinati ad ospitare il Museo reale di fisica, ha portato alla completa revisione delle pagine in italiano del museo virtuale. Non si è trattato solo di un controllo dei vari marcatori per eliminare, sostituendoli, i tag deprecated e di effettuare un cambiamento nell'aspetto delle intestazioni delle pagine, ma di qualcosa più profondo e impegnativo. Il lavoro, iniziato nell'ottobre del 2002, ha preso infatti le mosse dalla attenta lettura degli inventari allo scopo di sostituire i nomi utilizzati nel museo virtuale con la dizione con cui gli apparati figurano nell'inventario del 1870 e di confermare e/o aggiornare la datazione data agli strumenti esposti nella mostra del 1994, datazione per altro mai estesa a tutti gli apparati del Vecchio Gabinetto di fisica del Liceo. Tale lavoro di consultazione degli inventari si è concluso solo a fine dicembre e le informazioni di maggiore interesse sono state informatizzate in un opportuno file in JavaScript in modo che esse siano gestibili attraverso funzioni sempre nello stesso linguaggio. Pertanto la revisione vera e propria delle pagine in rete è iniziata nel gennaio 2003.

Nel frattempo, al fine di semplificare le operazioni di aggiornamento del Museo virtuale, nel mese di ottobre si è deciso (Bonavoglia - Malfi) di fare in modo che il Museo fosse conservato nel solo server della scuola che intanto era stato adeguatamente potenziato. Tuttavia, poiché si è avuto modo di verificare che molte delle visite avvenivano attraverso il server della Provincia di Venezia (il primo ad aver ospitato il sito del Liceo), è sembrato opportuno sostituire tutte le pagine del museo virtuale presso questo server con pagine di ridirezionamento verso le equivalementi pagine nel server della scuola. Tale operazione è stata portata a termine nel mese di novembre 2002. Il progetto prevede poi la totale rimozione del museo virtuale dal server della Provincia di Venezia nel 2005 e comunque non prima che si sia verificato che le pagine presso la Provincia non vengono più richiamate dai vari motori di ricerca.